Bei Merge Jewels handelt es sich um ein Spiel, bei dem farbige Juwelen auf passenden runden, eckigen Steinen liegen. Der Spieler muss drei oder mehr zusammenhängende Juwelen auswählen, um sie so schnell wie möglich vom Spielfeld zu entfernen. Ihr Ziel ist es, eine hohe Punktzahl zu erreichen, bevor die Aktionen des Spiels sie dazu zwingen, keine Züge mehr zu machen.
Das Spiel zeigt die Juwelen in gemischten Reihen an. Während die Zeit vergeht, werden automatisch neue Reihen von unten auf das Spielfeld geschoben. Der Spieler kann nur Steine entfernen, indem er einen Stein aus einer Gruppe von drei oder mehr Steinen auswählt. Im Gegensatz zu vielen anderen beliebten 3-Gewinnt-Spielen kann der Spieler auch Gruppen auswählen, die keine Reihen bilden. So kann er zum Beispiel eine Gruppe mit zwei Spielsteinen in einer Reihe und einem angrenzenden passenden Spielstein in der Reihe darüber oder darunter auswählen. Das Spiel gibt anfangs einen Hinweis auf gültige Cluster, indem es weiße Kreise über den übereinstimmenden Steinen schweben und pulsieren lässt.
Merge Jewels versorgt den Spieler auch mit automatischen Boostern. Von Zeit zu Zeit mischt er tränkeähnliche Flaschen unter die Juwelenplättchen. Diese Flaschen erfüllen viele verschiedene Aufgaben. Eine runde Flasche mit einer regenbogenfarbenen Flüssigkeit wirkt wie eine Bombe. Eine Flasche mit einer einfarbigen Flüssigkeit entfernt alle Plättchen vom Spielfeld, die zu dieser Farbe passen. Eine Flasche mit zwei halbkreisförmigen Pfeilen tauscht einige zufällige Spielsteine aus. Schneeflocken in Flaschen frieren alle Aktionen ein.
Wenn der Spieler nur ein oder zwei Plättchen berührt, verliert er Punkte. Das Spiel zeigt den Verlust als negative rote Zahl an. Lässt der Spieler zu, dass die Plättchen an den oberen Rand des Feldes rutschen, erhält er eine erste Warnung vor dem Schütteln der Plättchen. Wenn er zu lange braucht, um passende untere Steine zu entfernen, damit die oberen wieder nach unten rutschen, färben sich alle Steine grau und das Spiel endet.
